Précieux probiotiques – 1ère partie

Chère amie, cher ami,

L’étude du microbiote intestinal est récemment devenue centrale pour la recherche médicale, et il est probable qu’il constitue un biomarqueur reflétant différents états de santé. Chacun de nous a un microbiote unique, que l’on pourrait presque comparer à une empreinte digitale. Nous allons voir dans cette lettre son rôle primordial sur notre santé, afin de bien comprendre l’utilité des probiotiques[1].

Nos différents microbiotes et leurs rôles

Il y a encore peu de temps, on ne prenait en considération que notre microbiote digestif. On s’intéresse maintenant de plus en plus aux autres microbiotes :

  • le microbiote pulmonaire
  • le microbiote cutané
  • le microbiote urinaire
  • le microbiote vaginal
  • le microbiote buccal

1.    Le microbiote digestif

Le microbiote digestif ou intestinal (qu’on appelle aussi « flore intestinale ») est un écosystème complexe et fragile en grande partie hébergé dans le tube digestif. Il joue un rôle décisif dans notre santé. Il est composé de trillions (milliards de milliards) de micro-organismes telles que des bactéries (100 000 milliards de bactéries, soit 10 fois plus que toutes les cellules contenues dans l’organisme), des virus, des champignons (y compris des levures) et des parasites. Ils sont tous essentiels à nos défenses immunitaires et à notre équilibre. Les virus qui infectent les bactéries (appelés « phages ») sont aussi très nombreux au sein du microbiote. Ils peuvent modifier les populations bactériennes, leur patrimoine génétique et son expression. Ainsi, le « virome » (l’ensemble des gènes viraux du microbiote intestinal) constitue sans doute une autre pièce dans le puzzle de la physiopathologie propre au microbiote intestinal, tout comme le microbiote fongique qui regroupe levures et champignons. Chacun d’entre nous porte jusqu’à un million de gènes bactériens dans ses intestins, un nombre bien supérieur à celui de nos propres gènes. Leur déchiffrage constituera, dans les années à venir, un enjeu majeur pour notre santé.

On estime aujourd’hui que le microbiote de la mère joue un rôle déterminant dans le développement fœtal. À la naissance, le microbiote se constitue progressivement, d’abord au contact de la flore vaginale et fécale après un accouchement par voie basse. En cas de naissance par césarienne, le nouveau-né ne profite pas de ces microbiotes et doit se contenter du microbiote cutané, beaucoup moins riche, ce qui peut affecter sa santé et prédisposer à des maladies telles que l’asthme, l’obésité ou le diabète. La colonisation bactérienne a lieu graduellement chez le jeune enfant et se déroule dans un ordre bien précis : les premières bactéries intestinales (entérocoques, staphylocoques…) ont besoin d’oxygène présent dans l’intestin pour se multiplier. Elles favorisent ensuite l’implantation de bactéries qui ne prolifèrent justement qu’en absence d’oxygène (bacteroides, clostridium, bifidobacterium…). Dès la naissance, le microbiote est nécessaire pour que l’immunité intestinale apprenne à distinguer les espèces amies des espèces pathogènes, dont il empêche l’entrée dans l’organisme. Pendant les premières années de vie, la composition du microbiote intestinal va ensuite évoluer qualitativement et quantitativement, sous l’influence de la diversification alimentaire[2], de la génétique, du niveau d’hygiène, des éventuels traitements médicaux reçus et de l’environnement. Cette composition restera ensuite assez stable, même si cette stabilité semble variable d’une personne à l’autre. La fluctuation des hormones sexuelles – testostérone et œstrogènes – peut aussi avoir un impact sur la composition du microbiote intestinal.

Quel est le rôle du microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments (notamment parmi les fibres alimentaires, d’où leur importance dans l’alimentation). Dans le même temps, les micro-organismes qui le constituent jouent un rôle direct dans la digestion. Voici ses différents rôles :

  • Il assure la fermentation des déchets alimentaires non digestibles.
  • Il facilite l’assimilation des nutriments grâce à un ensemble d’enzymes dont les cellules humaines sont dépourvues.
  • Il assure le métabolisme des sucres comme l’amidon, la cellulose, les polysaccharides…
  • Il participe à la synthèse de certaines vitamines (vitamine K et B), régule l’absorption des sels minéraux et participe à la synthèse de trois acides aminés essentiels : la valine, la leucine et l’isoleucine.
  • Il régule plusieurs voies métaboliques : absorption des acides gras, du calcium, du magnésium[3]
  • Il stimule l’immunité et notre défense vis-à-vis des bactéries extérieures.

Quels liens entre le microbiote et l’inflammation ?

L’inflammation est indispensable à l’activation du système immunitaire. Cependant, l’inflammation chronique est un processus biologique étroitement corrélé à l’immunité, au vieillissement et à la genèse de nombre de maladies. Ce mécanisme repose notamment sur la présence de composants bactériens inflammatoires, comme les lipopolysaccharides (LPS) présents à la surface de certaines bactéries. Ils provoquent une réaction immunitaire qui conduit à la production de médiateurs pro-inflammatoires (les cytokines) par les macrophages de l’intestin. Une inflammation locale est alors déclenchée, et la perméabilité de la paroi intestinale augmente. Les LPS peuvent traverser cette dernière, passer dans la circulation sanguine, provoquer un phénomène inflammatoire dans d’autres tissus et être à l’origine de maladies auto-immunes inflammatoires, comme la polyarthrite chronique évolutive (PCE) et probablement toutes maladies inflammatoires : thyroïdites, pancréatites… Les déséquilibres du microbiote intestinal pourraient donc jouer un rôle dans le développement des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin.

Les chercheurs s’intéressent, aujourd’hui, aux interactions qui existent entre bactéries du microbiote et cellules intestinales, et donc à l’origine des déséquilibres du microbiote sur la genèse des maladies auto-immunes.

Quelles sont les maladies potentiellement associées à un déséquilibre du microbiote ?

Si notre microbiote digestif est déséquilibré, on parle de dysbiose intestinale[4]. Elle peut être liée à différentes causes : une prise d’antibiotiques, une gastro-entérite, une maladie inflammatoire de l’intestin, comme la maladie de Crohn ou le SIBO… Ainsi, un traitement antibiotique réduit la qualité et la quantité du microbiote sur plusieurs jours à plusieurs semaines[5]. Des antibiothérapies répétées au cours de la vie (et plus encore durant la petite enfance) peuvent induire une modification progressive et définitive du microbiote, potentiellement délétère. Un autre exemple préoccupant est l’impact possible des pesticides et des additifs présents dans notre alimentation quotidienne sur la composition et la fonction de notre microbiote. Par ailleurs, l’obésité serait pour au moins un tiers favorisée par les déséquilibres du microbiote et les parasitoses chronique, qui sont fréquentes[6]. Le cancer de l’estomac[7] et le cancer colorectal[8] sont également deux cancers gastro-intestinaux associés à une dysbiose intestinale.

Mais à ce jour, les études scientifiques n’ont toujours pas permis de déterminer si la dysbiose est la cause ou la conséquence de ces maladies.

Il y a plusieurs façons d’intervenir sur l’équilibre de votre microbiote et sa diversité :

1.     La première est l’alimentation diversifiée et riche en nutriments : elle va apporter en grande quantité ce que l’on nomme les « prébiotiques ». 

2.     La seconde est l’ensemencement, ou le réensemencement, par des germes ou levures que l’on nomme les « probiotiques ». 

3.     La troisième est le traitement des déchets du métabolisme de ces mêmes organismes, que l’on nomme les « post-biotiques ».

4.     Enfin, la « transplantation fécale » est une voie de recherche encore à ses prémisses, mais très prometteuse. Elle a déjà permis de guérir des inflammations et infections intestinales potentiellement graves, comme les infections à clostridies.

Dans la prochaine lettre, je vous parlerai des autres microbiotes de votre organisme et de leurs rôles.

Surveillez donc bien votre boîte mail,

Docteur Dominique Rueff


[1] J’ai déjà abordé partiellement ce sujet dans une lettre de novembre 2021 : https://lettre-docteur-rueff.fr/etes-vous-biotique  

[2] D’où l’importance de veiller à la bonne alimentation du jeune enfant. 

[3] Il faut souvent associer la prise d’un probiotique à celle de magnésium lorsqu’on observe des signes de déficience en magnésium.

[4] J’ai consacré une lettre sur la dysbiose intestinale, que je vous invite à lire : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28260787/

[5] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18811240/ 

[6] https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/obesity-and-overweight 

[7] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32916853/ 

[8] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33823861/ 



N'hésitez pas à commenter la lettre de ce jour ci-dessous. Veuillez cependant noter que, en raison du très grand nombre de commentaires, le Dr Rueff ne pourra pas vous répondre individuellement.


3 réponses à “Précieux probiotiques – 1ère partie”

  1. Le boube dit :

    Article très intéressant . Je fais pour ma part des cures de kéfir de fruits, qu en pensez vous?

  2. garcia dit :

    bonjour madame, monsieur, merci à vos services et au docteur Rueff pour son article en ligne sur les précieux probiotiques et les différents microbiotes et de leurs rôles de chacuns d’eux. bonne semaine à toute votre équipe.
    cordialement
    pierre Garcia

  3. Yolande dit :

    Bonjour, j’ai plusieurs problèmes de santé qui ne correspondent pas à mon profil: j’ai eu un hépatocarcinome à l’âge de 46 ans alors que je ne suis ni éthylique, ni tabagique, j’ai du rhumatisme inflammatoire, des apnées du sommeil (j’ai 50 kg pour 1.66 m et je suis du sexe féminin), j’ai des intolérances à de très nombreux aliments, des acouphènes, pour les pathologies les plus importantes.
    Je suis non sécrétrice de l’enzyme fucosyltransférase qui a été détectée par une analyse génétique dans un labo belge.
    Je ne trouve pas dans mon entourage, un médecin capable de savoir si tous ces problèmes sont liés ou pas. Pouvez-vous m’en dire plus ?
    Merci pour votre retour.
    Cordialement.
    Yolande

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